Novos lançamentos do Upstart (incluídos no Ubuntu 11.04 e posteriores) incluem suporte a chroot, embora você tenha que estar em um chroot que esteja sendo executado em cima de um desses lançamentos.
Se você não pode fazer isso, você pode simplesmente copiar o script init do pacote Debian. Está disponível aqui:
Você poderia colocar isso em /etc/init.d como 'mysql', e executar chmod +x /etc/init.d/mysql
e, em seguida, update-rc.d mysql
para ativá-lo.