Isso acontece porque o 2D está usando o Metacity. Correção simples embora ...
Configurações da sessão do Open Unity 2D:
gksudo gedit /usr/share/gnome-session/sessions/ubuntu-2d.session
Alterar a metaclidade
[GNOME Session]
Name=Ubuntu 2D
RequiredComponents=gnome-settings-daemon;
RequiredProviders=windowmanager;panel;launcher;
DefaultProvider-windowmanager=metacity
DefaultProvider-panel=unity-2d-panel
DefaultProvider-launcher=unity-2d-launcher
DesktopName=Unity
Para compelir
[GNOME Session]
Name=Ubuntu 2D
RequiredComponents=gnome-settings-daemon;
RequiredProviders=windowmanager;panel;launcher;
DefaultProvider-windowmanager=compiz
DefaultProvider-panel=unity-2d-panel
DefaultProvider-launcher=unity-2d-launcher
DesktopName=Unity
Salvar arquivo e sair do gedit
Ainda no terminal:
sudo restart lightdm
Faça o login novamente e divirta-se. Espero que isso ajude:)