Não sei exatamente o que aconteceu com base na sua descrição, mas pode haver algumas possibilidades. O Ubuntu pode ter formatado sua partição home e usado novamente, caso em que os arquivos seriam excluídos, mas poderiam ser recuperáveis com alguma ferramenta de recuperação de arquivos.
Ou ele pode ter usado uma partição diferente como seu diretório pessoal, caso em que alguma outra coisa poderia estar usando essa partição ou ela poderia estar sem uso.
Talvez tente colocar um live CD e dar uma olhada em todas as partições para procurar os arquivos que você está procurando.
Bom trabalho para fazer um backup! Pelo menos você pode restaurá-los da internet.