Você também pode remover extensões acessando .local/share/gnome-shell/extensions
e removendo o que instalou.
Em uma nota um pouco relacionada, acabei de entrar em uma situação como a sua, onde a barra do usuário não aparecia, mas eu NÃO tinha extensões carregadas, e desinstalar e reinstalar o gnome-shell não fazia diferença.
Eu realmente reinstalei o Ubuntu (sendo 11.10), mas usei a opção para não formatar a unidade. Ele reinstalou completamente o O / S, reinstalou os pacotes que eu instalei desde a instalação e deixou meu diretório home intacto (sim, eu tinha um backup disponível, mas não precisava usá-lo). E agora o gnome-shell funciona bem.