(Isto está assumindo que você está usando o Unity)
gnome-tweak-tool Não é dependente do gnome-shell, tanto quanto eu sei, você deve ser capaz de instalá-lo com sudo apt-get install gnome-tweak-tool
. Dito isto, pode estar sofrendo dos mesmos problemas que o gnome-shell.
Pessoalmente, recomendo que você use o ubuntu-tweak. Ele fornece as mesmas opções que o gnome-tweak-tool, bem como vários outros, como um zelador, etc. Você pode instalá-lo com
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update && sudo apt-get install ubuntu-tweak