Eu não recomendaria usar o "Windows Installer", também conhecido como "Wubi". Geralmente, isso causa muitos problemas. Se você ainda quiser usar o "Windows Installer" em vez da maneira normal, tente executá-lo como administrador.
Basicamente, para resolver esse problema com eficiência, precisamos de mais informações.
Alguém sabe se o Wubi armazena um arquivo de log em algum lugar?