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A criptografia não interferirá na sua próxima instalação.
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Eu usei a criptografia de disco inteiro e de pasta inicial há vários anos, mas nunca notei nenhuma diferença no desempenho. O gargalo mais significativo na recuperação de dados criptografados envolve retirar os bits do disco. Por comparação, a decodificação é tão rápida que é quase imperceptível.
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Depois de fazer login (ou digitar sua senha), você pode fazer backup ou copiar arquivos de sua unidade / pasta criptografada exatamente como faria normalmente, sem quaisquer considerações extras.
A criptografia de discos completos e de pastas pessoais é transparente na maioria dos casos.