Eu tenho notado isso principalmente quando estou jogando flash no meu Firefox ou jogando x-com no DOSBox. O jogo corre bem, mas de repente diminui a velocidade para engatinhar. Quando toco no touchpad e movo o cursor, ele fica bom novamente. Mas quando eu solto o touchpad, ele vai rastejar novamente.
Pode ser que você tenha configurado um processo em segundo plano para ser executado quando o computador estiver ocioso. Também pode ser que o seu protetor de tela não esteja funcionando bem com sua configuração e esteja tentando carregar e desacelerar o computador no processo.