De acordo com o wiki do Arch, o chromium usa o xdg-open para selecionar o que abrirá um arquivo. Você pode clicar com o botão direito do mouse e salvá-lo ou pausá-lo imediatamente na transmissão e retirá-lo de ~/.config/transmission/torrents .
Se você remover o tipo MIME que ele usa, ele não abrirá adequadamente sem abrir ou abrir arquivos na sua área de trabalho.