O seu telefone talvez esteja entrando no modo de baixa energia / bloqueio de tela? Os drivers nativos do Ubuntu podem não mantê-lo acordado por USB.
Funciona bem para mim em 10.04, mas também tenho ADB instalado, que pode ser fazendo a diferença. Você já tentou instalar o ADB ? (o plugin do Eclipse é puramente para devs, eu não o tenho instalado)