Em geral, não há problema em configurar, por exemplo, duas placas e 4 ou 6 monitores no Linux. No entanto, quando há falar sobre os problemas de cartões intel começam. Os cartões intel integrados geralmente não cooperam com cartões PCI e assim por diante. Este fórum está cheio de mensagens relacionadas a esse problema. Portanto, combinar o cartão Intel com outro cartão pode ser difícil ou impossível. Mas ...
Primeiro de tudo, entre na BIOS e verifique se a sua placa principal permite usar duas placas VGA ao mesmo tempo. Se sim, defina essa opção para permitir isso. Então inicie no Ubuntu e veja se ele detecta todas as placas VGA:lspci | grep VGA
Deve dar as duas cartas usadas na saída. Se sim, tente configurar os monitores nas preferências do sistema. Se você não puder definir monitores através das preferências do usuário, tente criar o arquivo xorg.conf e configurá-lo manualmente. Por favor, veja este post para mais detalhes sobre o xorg. conf e definindo duas placas VGA diferentes.