Primeiro, copiar seu diretório pessoal para uma partição do Windows não é uma boa idéia, porque existem alguns arquivos no seu homedir que possuem requisitos específicos para permissões, e essas permissões serão perdidas em uma partição do Windows.
Para um backup, você pode fazer um arquivo tar de seus arquivos e armazenar esse arquivo em qualquer lugar. Isso preservaria todas as suas permissões.
tar cjvf /windows/c/home_backup.tar.bz2 "$HOME"
No que diz respeito aos dados do Firefox, todas essas informações estão em um diretório oculto em seu diretório inicial: ~/.mozilla/firefox
. Faça o backup e seus favoritos do Firefox estão seguros.