Acontece que o problema era permissões.
Quando você estiver armazenando o site em um diretório fora de /var/www
e conectado por symlink, o diretório de origem, e seu diretório pai precisará ter permissões de 755
.
Por algum motivo desconhecido, os dois sites que se comportam mal tiveram permissões diferentes, e a execução de chmod -R 755
no diretório do site, e seu diretório pai , resolveu o problema.