Não há formato de partição padrão para o Linux. Ele pode manipular muitos formatos de partição.
Para um sistema somente Linux, o uso de MBR ou GPT funcionará bem. O MBR é mais comum, mas o GPT tem algumas vantagens, incluindo suporte para discos maiores. O principal problema com o GPT é a compatibilidade; nem todos os sistemas operacionais suportam, e alguns não podem inicializar a partir de GPT em computadores baseados em BIOS. Para apenas um sistema Linux, eu escolheria o GPT. Se você precisa fazer uma dupla inicialização com o Windows, vá com o MBR.
Dito isto, se você tiver um sistema mais novo, um disco rígido muito grande e usar UEFI, eu usaria o GPT.
O instalador usará a GPT automaticamente para discos com mais de 2 TiB, se você escolher a opção automática. Ele criará a partição do sistema bios_grub ou efi dependendo se a máquina suporta UEFI ou não.
Portanto, para responder à sua pergunta, depende do seu sistema, do tamanho do disco rígido e se você tem UEFI ou não.
Master Boot Record (MBR) - A maioria das unidades de armazenamento baseadas em IBM usa esse formato de tabela de partição. O MBR é geralmente chamado de tabela de partições msdos. O MBR pode suportar apenas dispositivos de armazenamento de até dois terabytes. O MBR suporta o conceito de partições lógicas e primárias. Uma unidade de armazenamento com a tabela MBR pode ter até quatro partições primárias. Muitos usuários que querem criar um sistema multi-inicializador com mais de quatro distribuições Linux muitas vezes têm o problema de não poder suportar mais partições. Lembre-se, as partições lógicas não podem ser inicializadas. Sistemas de inicialização múltipla devem usar uma tabela de partição diferente, discutida mais adiante. Linux.org
Tabela de Partição GUID (GPT) - Algumas unidades de armazenamento baseadas em IBM possuem GPT, embora geralmente seja porque o usuário foi reformatado de MBR para GPT. No entanto, a maioria dos sistemas Mac baseados em Intel usa o GPT por padrão. A tabela de partições GPT oferece muitos aprimoramentos sobre o MBR. A GPT pode suportar unidades de armazenamento com mais de nove zettabytes. A GPT também é a tabela de partições mais recomendada para computadores que precisam de mais de quatro sistemas operacionais em um disco rígido. Por exemplo, se um computador com um disco rígido de dez terabytes for um sistema de inicialização múltipla para sete distribuições Linux diferentes, o GPT deverá ser usado. A maioria dos sistemas operacionais Unix e Unix podem suportar totalmente o GPT. No entanto, a maioria dos sistemas Windows não pode ser executada em uma tabela de partição GPT. Quanto aos sistemas Mac, somente os baseados em Intel podem inicializar a partir do GPT. Linux.org