Apenas tome cuidado com o disco rígido externo, se for FAT ou NTFS, ele não preservará as permissões.
É mais provável que você não precise ou não deseje todo o seu diretório pessoal. Gostaria de identificar as coisas que você deseja transferir, favoritos do Firefox, documentos, etc e colocá-los em uma bola de tar (tar.gz). Você pode então colocar a bola tar em uma partição FAT ou NTFS e extraí-la na outra máquina.
tar cvzf home.tar.gz .mozilla Documents
Para extrair
tar xvz home.tar.gz
Outra opção seria usar o rsync