Se você instalou o MATE através do repositório do linux mint, então você terá atualizado muitos dos pacotes principais do ubuntu. Você achará muito difícil "remover" o MATE após esse tipo de atualização. Eu sugeriria uma restauração a partir do backup ou apenas uma reinstalação completa ...
No entanto, se a sua preocupação é que o centro de software / sináptico não está funcionando, você pode corrigir isso de acordo com a pergunta vinculada.
N.B. IMHO a melhor maneira de experimentar com o MATE é por minha resposta aqui: Como instalo o MATE (o ambiente de área de trabalho)?
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