Você não pode instalar facilmente aplicativos em um local diferente do padrão, o que você pode fazer é ter arquivos de usuário em outra partição.
Eu assumo que você é um usuário comum de desktop, e neste caso o "design" mais lógico (imho) é criar 3 partições, uma para swap (de causa), uma para o sistema de arquivos raiz (/) e uma para seu diretórios de usuário (s) (/ home).
Dessa forma, você pode formatar / reinstalar o sistema operacional sem apagar os dados / configurações do usuário.
O processo de criação desta configuração deve ser bem fácil no instalador, apenas lembre-se de que a partição swap precisa ser pelo menos tão grande quanto a quantidade de RAM ou o computador não conseguirá hibernar.