Muitos problemas aparecem após as atualizações. Talvez tente isso:
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Faça o backup de todos os arquivos que você tiver no Ubuntu para uma unidade USB.
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Entre no Windows 7 e desinstale o Ubuntu. De como você descreveu sua configuração, isso provavelmente removerá ambas as instalações do Ubuntu.
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Reinicie o Windows e use o Wubi para instalar uma nova cópia do 11.10.
Fez este procedimento exato hoje cedo. Não há mais problemas de pós-atualização. A instalação direta parece ser a mais livre de problemas.
Isso ajuda?