Não é possível usar ícones de ações criados on-the-fly em appindicators.
Ao usar statusicons, seu aplicativo está totalmente encarregado de criar e exibir o menu. No entanto, ao usar appindicators, o que acontece sob o capô é que seu aplicativo apenas faz uma solicitação e quem realmente cria e exibe o menu é um serviço em execução em segundo plano.
Este serviço é um programa independente, completamente separado do seu. Portanto, ele não está ciente de coisas como variáveis de ambiente e nomes de ícones de ações que você criou on-the-fly.
A melhor solução é usar o set_icon_theme_path do indicador para informar onde está o ícone. Você nem precisa alterar o estoque neste caso.