Para usar, você precisa ter um conjunto de configurações para o pré-proxy. O próprio Tor recomenda polipo para privoxy. No entanto, a configuração para polipo e privoxy é anexada na documentação oficial do tor.
Eu não usei vidalia, mas basicamente você precisa reiniciar o tor com sudo /etc/init.d/tor restart
depois de configurar e configurar seus aplicativos.