Se nada mais aparecer, você pode usar wmctrl e mover a janela depois que ela for aberta. Algo como:
isso moverá e redimensionará a janela de composição ativa
/ usr / bin / thunderbird -compose; wmctrl -r: ACTIVE: -e 0,100,100,600,400
Ou você pode até configurar uma regra devilspie para fazer isso automaticamente: link