Eu estou tendo o que parece ser o mesmo problema, e tenho tido desde a primeira vez que o grub 2 foi implementado. não importa se eu rodar o sudo update-grub2 / sudo update-grub ou usar o grub customizer para fazer as mudanças, não importa o que eu faça, elas sempre atualizam o arquivo grub.cfg.new e não o arquivo grub.cfg, como o último data editada mostra.
Eu li em algum lugar que o GRUB 2 não lida bem com entradas vazias
Eu tento manter o lançamento sempre novo e me vejo voltando ao Grub 1 já que ele é testado e funciona para as minhas necessidades . Eu entendo que o GRUB 2 é o futuro e mais poderoso e, em seguida, sua versão legada, e é realmente pelo menos no papel, mas tanto quanto eu estou preocupado com o presente não está pronto para o horário nobre. Desculpe por não ter uma correção para você. Só queria dizer que você não está sozinho.
Vou esperar até que todas as dobras sejam resolvidas.