Você pode estar executando o Unity 2D - Eu sairia e clicaria na roda dentada ao lado da sua caixa de entrada de senha, assegure que você seleciona o Ubuntu como sua área de trabalho quando você fizer login, usará o Unity Shell se tiver sido ativado anteriormente no CCSM.
É uma maneira simples de verificar antes de tentar limpar e reinstalar o Unity ...