A maioria dos usuários não precisará usar um firewall, já que o Ubuntu não tem portas abertas por padrão. Mas o Firestarter é apenas uma GUI para configurar o firewall. Ele ainda será executado quando você não estiver executando o Firestarter. Ele apenas usará a mesma configuração até que você a altere.
Não vejo nada de ruim em instalar pacotes do Gnome no Lubuntu e vice-versa. Por exemplo, usei o painel do LXDE no Gnome. Os pacotes serão apenas instalados. Eles não serão usados até que você use algo que exija isso.