Eu tive esse problema no passado. Descobriu-se que os CDs não foram fechados corretamente pelo Windows, eram sessões.
Mas, se puder, transfira os arquivos do CD para um dispositivo USB e leia-o no Linux. Eu sei que isso pode não ser a solução que você quer, mas poderia fazer o truque para você. Como alternativa, você pode tentar fechar o CD no Windows. Deve haver uma opção ab em um menu para isso, uma vez que você explore o próprio conteúdo do CD. Além disso, você pode tentar algo como o Nero para fechar o CD.