Tkinter é um wrapper em torno do conjunto de widgets Tk. De acordo com o link , o Tk não oferece suporte à renderização de texto bidirecional, o que explicaria por que os caracteres Urdu foram exibidos da esquerda para a direita.
A menos que você tenha um anexo específico ao Tk, sugiro usar um kit de ferramentas de gráficos mais moderno, como o GTK ou o Qt. Se você precisar usar o Tk, provavelmente estará preso precisando reordenar manualmente os caracteres para a ordem de apresentação.