Sim, você pode acessar os ipods do nautilus. Mas todos os arquivos que você sincroniza para um ipod são renomeados e armazenados em pastas, que são gerenciados por um banco de dados do ipod. Então não faz sentido usar o nautilus.
A melhor aplicação depende da versão do seu dispositivo Apple e software. Depois de todas as minhas tentativas com diferentes iPods, achei o Banshee o mais confiável
Se o Banshee não funcionar para você, experimente o Gtkpod, o Rhythmbox, o Amarok e o Songbird. Às vezes eles trabalhavam com alguns iPods, às vezes não.
Se nada mais funcionasse, usei o iTunes em uma caixa virtual com o Windows XP.