Se você não quiser usar o modo de espera (para inatividades por pouco tempo) ou o modo de hibernação (para os mais longos), tente verificar a chave
/apps/gnome-session/options/auto_save_session
em gconf-editor
, mas lembre-se de que reabrir os mesmos aplicativos (ao contrário do congelamento / hibernação) não o leva para a mesma área de trabalho.
Além disso, tenho que admitir que não testei a solução, por isso talvez não funcione.