O automount do Nautilus para /media/$label , quando a partição tiver um rótulo e /media/$label não existirem. Se existir, o Nautilus escolhe a alternativa /media/$label_ . Em seguida, o ponto de montagem é removido quando você desmontar.
O fato de você ter ambos deve-se provavelmente a um /media/$label não removido por alguns motivos. Solução:
- desmonte a partição
- remova o caminho
/media/$label
Agora, quando montar a partição novamente, o caminho correto deverá ser usado.