Eu tive exatamente o mesmo problema depois de uma atualização 11.04 eu mesmo. Eu descobri que isso parece estar relacionado ao Compiz. Se eu desabilitar o plug-in do OpenGL Compiz, os ícones e a imagem da área de trabalho serão exibidos corretamente, mas é claro que agora estou perdendo todos os efeitos do OpenGL. Apenas no caso de ser relevante, estou usando o driver Radeon de código aberto (com um ATI Radeon X1800).