O uso de memória no Linux é geralmente muito alto porque a memória não usada é usada como cache (não estou muito certo de um cache para o que, provavelmente, para acesso ao disco). Portanto, verifique se a barra vermelha no painel superior não está relacionada à memória cache. Você pode configurar o monitor da barra superior clicando com o botão direito e selecionando Preferências. Lá você pode selecionar as cores para os diferentes tipos de memória, definir uma cor diferente para o cache e o usuário.
No uso da memória gráfica, a memória cache é considerada como memória livre (E tecnicamente é o caso como o cache pode ser usado a qualquer momento para novos programas), então é por isso que você vê valores diferentes.