Não sei por que isso acontece (acontece comigo também), mas se você minimizar o Firefox e, em seguida, maximizá-lo novamente, o problema desaparecerá.
Os submenus do meu navegador Firefox do Ubuntu desaparecem depois que a proteção de tela está ativa. Quando clico em um tópico de menu como 'Arquivo', o submenu aparece, mas quando eu movo o mouse para selecionar um item de menu, o submenu desaparece. Tentei desativar a propriedade de aceleração de hardware de exibição, mas isso não ajudou.
Não sei por que isso acontece (acontece comigo também), mas se você minimizar o Firefox e, em seguida, maximizá-lo novamente, o problema desaparecerá.
Parece ser um problema com o X11
Você tentou substituir o compiz?
compiz --replace