Eu finalmente descobri qual era o problema, eu o publiquei aqui apenas para encerrar minha pergunta e talvez ajudar qualquer outra pessoa a ter o mesmo problema:
Eu tinha baixado as fontes do SDL para minha instalação do Ubuntu e instalado o SDL manualmente (usando ./configure, make, make install), eu acho que isso não concordava com a instalação padrão já disponível. Quando eu desinstalei a versão 'manual' (faça a desinstalação) e instalei a biblioteca libsdl1.2-dev no topo da libsdl1.2debian-pulseaudio e libsdl1.2debian já instaladas. Tudo funciona bem e eu também posso construir meu aplicativo sem problemas.
Felicidades, Marcel.