Eu estava procurando por essa resposta para uma unidade Seagate FreeAgent, as duas respostas que encontrei foram: 1) usar o utilitário da Seagate em uma máquina Windows para desabilitar o auto-spindown, ou esta página que explica como fazer o mesmo no Linux usando o sdparm. (mas como psusi apontou, quando a unidade entra em auto-spindown ela não deve desmontar, pelo menos em kernels recentes.