É possível que a combinação de tomadas / pulsos seja abortada devido a XRUNs, o que significa que os dados de áudio não puderam ser completados dentro do tempo necessário.
Você pode evitar XRUNs definindo o tamanho do período de inicialização. Nas configurações do Jack (no qjackctl, clique no botão 'Configuração' e procure na guia 'Configurações'), há um parâmetro chamado 'Quadros / Período'. Tente aumentar esse valor.
Observe que aumentar o tamanho do período também aumentará a latência do áudio. Mas, a menos que você esteja fazendo processamento de áudio em tempo real, isso provavelmente não afetará você.