Se o seu disco mestre principal é aquele em que você tem a partição NTFS vista (portanto, onde você instalará o Windows 7) você não deve ter nenhum problema, o instalador do Windows nem notará a outra partição no disco. 2 porque não reconhece partições Ext / 2/3/4.
O único problema que tive até agora foi uma vez ao instalar o Windows XP em um disco secundário MBR e tinha linux no primeiro disco, de alguma forma o Windows não inicializaria, mas como eu disse, ele foi instalado no mestre secundário , no seu caso é no master principal então você não deve ter nenhum problema, além disso, o grub2 é muito capaz de inicializar de qualquer lugar, então se você configurá-lo corretamente e adicionar a instalação do windows 7 ao grub2 você poderá carregar o grub2 do disco 2 e depois o grub2 irá carregar o MBR do disco 1 que tem a instalação do windows.