Eu não estou familiarizado com o Ubuntu Netbook remix. Então, eu só posso imaginar que o Gerenciador de arquivos ou algo parecido foi feito um dos aplicativos de inicialização. É por isso que é aberto na inicialização.
Este link pode ajudar
Link com a imagem de Startup Applications Preferences - netbook remix
Você precisa usar o utilitário que define Preferências de aplicativos de inicialização.
Atenciosamente.