Isso não responde por que temos o problema, mas para consertá-lo acabei escrevendo um script Python que usa o amixer e o alsactl para informar programaticamente ao ALSA para reduzir o volume para 0% e definir mudo para 'PC Beep', 'Beep 'e' PC Speaker '. Não é à prova de balas, já que encontrei máquinas com alto-falantes de PC que têm nomes ligeiramente diferentes, mas resolveu a maior parte do problema.