SELinux , mas isso quase certamente não tem nada a ver com o problema que você encontrou. Não está habilitado por padrão no Ubuntu, você teria que instalá-lo você mesmo.
O problema também não tinha nada a ver com "usuários root" - sua conta de usuário regular, por definição, não era "usuário root", e você disse que executar programas como root (com sudo) funcionava bem.