Eu já vi isso de vez em quando, acho que é devido a alguns problemas de driver. O que eu faço é abrir uma janela e, em seguida, arrastá-lo sobre a área corrompida, ela deve agir como uma borracha e mostrar o plano de fundo normal.
É relatado no Launchpad: Bug # 769458 O plano de fundo da área de trabalho não foi desenhado corretamente no login (monitor duplo)