Não sei se minha resposta será realmente útil, mas o Visualizador de documentos (Evince, na verdade) também é o programa padrão para visualizar arquivos PDF no 10.10 e não é possível encontrá-lo no menu OS , e um lançador como o Synapse também tem dificuldade em encontrá-lo (é profundo na lista de pesquisa). Outro programa que se comporta dessa maneira é o File Roller (usado para compactar e descompactar arquivos).
Eu acredito que a idéia é que esses programas não são usados ativamente, mas passivamente. Com isto quero dizer que você não abre o visualizador de arquivos e, em seguida, escolheu o arquivo que deseja visualizar, crie um novo arquivo a partir daí. Da mesma forma, você não abre o compactador de arquivos e, em seguida, escolhe um arquivo para compactar ou descompactar. Pelo contrário, os usuários abrirão seus arquivos e o tipo MIME do arquivo dirá qual programa deve ser associado a ele. Um PDF abre o Evince e um TAR.GZ abre o File Roller.
Como os usuários realmente não precisam iniciar esses programas, eles não são adicionados ao menu ou ao painel do sistema operacional para economizar espaço e obter visibilidade e acesso.
Por que o traço é tão difícil de personalizar, não tenho resposta. Pode depender de quanto você acha que precisa personalizar. Se o que você realmente quer é personalização, talvez a interface Unity não seja o que você precisa. Programas como o Synapse e o GnomeDo farão a pesquisa e o Cairo-Dock ou o Docky podem ser usados como docas.