Devido à maneira como a maioria dos sistemas de arquivos Linux funciona, você simplesmente não pode fazer uma verificação segura / útil em um sistema de arquivos montado. Não é realmente seguro e, como o sistema está em uso, ele pode não ser confiável. Infelizmente, às vezes, você tem que viver com as coisas do jeito que elas são até que alguém faça isso melhor;). Ext4 provavelmente não vai pegar esse recurso (talvez ext5? Se isso acontecer), mas acredito que o btrfs irá, e se isso acontecer, você será capaz de mudar suas partições quando chegar a hora.