Eu tenho miniaturas gif funcionando novamente instalando o pacote gif-thumbnailer de o repositório atareo/thumbnailers :
sudo add-apt-repository ppa:atareao/thumbnailers
sudo apt-get update
sudo apt install gif-thumbnailer
Em seguida, limpei o cache de miniaturas ( rm -r ~/.cache/thumbnails ) e tudo está funcionando.
O código-fonte parece estar em este nome incorreto git-thumbnailer repository . Ainda não descobri por que essa solução funciona e as outras que tentei não funcionam; ainda depende de imagemagick, mas passa opções diferentes e copia imagens para um diretório temporário antes de operar nelas. De qualquer forma, isso funcionou para mim.