Não há relação entre uma unidade de origem do servidor de arquivos e uma unidade de destino (de uma perspectiva de formato). A menos que você tenha uma rede extra rápida incomum, é improvável que faça alguma diferença. O gargalo em uma transferência de arquivos pela rede é o próprio transporte de rede, sendo esperado que a leitura do servidor seja mais rápida. De qualquer forma, o acesso aos dados do Linux deverá ser mais rápido usando o ext4 do que o NTFS.