Uma forma de obter um pop-up (uma notificação de desktop) é instalar o pacote libnotify-bin e adicionar "alerta" à sua linha de comando, assim:
./configure && make && alert
Observe que "alerta" é um alias de conveniência, se você digitar:
alias alert
você verá que nos bastidores ele chama o comando notify-send
, que tem várias opções interessantes, então você pode querer definir seu próprio alias para chamar notify-send
da maneira que melhor lhe convier.