Eu descobri :-)
Estas são as configurações corretas:
- Servidor: owncube.com
- assinale "Use a conexão segura (HTTPS)"
- Porta: 443
- Pasta: /files/webdav.php/backup-computer1
- Nome de usuário: myowncubeusername
Eu acho que o formulário dejadup não é inteligente o suficiente para analisar o endereço "longo" do servidor, então o resto tem que ser parte do campo "pasta".