Estou usando o Ubuntu-17.10 com uma configuração de tela dupla. Ele está executando os drivers proprietários da Nvidia com o Xorg como o servidor de exibição.
Quando minimizo um jogo e, em seguida, o maximizo novamente, a resolução da minha segunda tela é alterada de 1600x900 para a resolução da tela principal 1920x1080, que não é a resolução correta dessa tela. Ao executar o Xrandr, parece que a segunda tela tem um modo para 1920x1080, o que indica que o controlador da tela suporta, mas a tela não. Infelizmente você não pode excluir os modos padrão.
Procurei em muitos sites, mas nunca encontrei uma solução para esse problema. Talvez Wayland resolvesse o problema, por causa do melhor suporte de múltiplas cabeças. Mas até agora você não pode executá-lo com os drivers proprietários e o nouveau não é tão bom desempenho.
Configurações da Nvidia X Server: