Poderia, por favor, tentar abaixo do comando:
kubectl apply -f https://github.com/coreos/flannel/blob/v0.8.0/Documentation/kube-flannel.yml -f https://github.com/coreos/flannel/blob/v0.8.0/Documentation/kube-flannel-rbac.yml
tente listar os pods e verificar os logs do kube-dns pod