Na falta de respostas melhores, concluímos que é uma má ideia desativar as políticas de segurança , a menos que se compreenda ou confie realmente no processo. Isso pode significar que algo não pode ser instalado ou um método alternativo é necessário.
Nesse caso, finalmente consegui evitar o uso de aa-complain por não usar o script da Brother que exigia isso; em vez disso, instalei manualmente os drivers individuais e apliquei as alterações que o script faria automaticamente (não descrevendo o processo aqui porque ele não é diretamente relevante para a pergunta).