É muito mais simples fazer com que o Eclipse trabalhe com o Tomcat no Ubuntu 16.04 (e em versões anteriores) simplesmente baixando o arquivo tar compactado do Tomcat e instalando-o em um diretório local (ou seja, seu diretório inicial).
Isso evita os problemas de permissão de arquivos e links que ocorrem na distribuição do Ubuntu Tomcat, já que os arquivos não estão todos sob o diretório CATALINA_HOME (como / etc / tomcat8 e / var / log / tomcat8). Eu executo várias versões de servidores Tomcat para fins de teste do Eclipse enquanto ainda saio do servidor distro instalado. Eles podem ser executados em paralelo, alterando as portas em que eles são executados, ou um de cada vez, se você quiser deixá-los todos na porta 8080 padrão. Apenas certifique-se de parar a distro Tomcat quando estiver executando o Eclipse para que ele possa iniciar os servidores que ele está usando no 8080.